L’Orto Botanico “Pietro Castelli” porta avanti diversi progetti in sinergia con altri soggetti operanti sul territorio della Provincia di Messina. Tra quelli attualmente in corso di realizzazione o che hanno portato a una proficua collaborazione si segnalano:
Istituto Comprensivo “F. Petrarca” di Messina
Biblioteca Regionale Universitaria “G. Longo”
Un Fiore per Messina
Forte San Jachiddu
Azienda Foreste Demaniali di Messina
CSM di Mistretta (ME)