Un decreto borbonico del 29 luglio 1838 eleva l’ Accademia Carolina di Messina al grado di Università e così risorge l’Ateneo dopo lunga attesa e reiterate insistenze dei messinesi. Quasi subito si sente il bisogno di un Orto Botanico e, dopo appena sei anni dalla ricostruzione dell’Ateneo messinese, si cerca di concretare la realizzazione di un giardino botanico. Infatti una lettera della Deputazione universitaria del 5 marzo 1844 chiamava alla direzione e sistemazione dell’Orto il messinese prof. PIETRO CUPPARI mentre per i lavori di costruzione venivano incaricati gli ingegneri Natale Alojsio e Giacomo Fiore. Ma l’anno successivo il Cuppari accettò una chiamata fattagli dalla Università di Pisa e si trasferì in quella città. Sei anni più tardi l’Università di Messina invitò il Cuppari a ricoprire una cattedra di Agraria; ma questi preferì restarsene a Pisa e le autorità accademiche messinesi accantonarono temporaneamente il progetto dell’Orto Botanico. Passano così diversi anni fin quando nel 1880 viene chiamato come professore straordinario di Botanica ANTONINO BORZÌ il quale, sorretto dal rettore dell’epoca, risolleva subito la questione dell’impianto di un Orto. È questa la volta buona poiché l’odierno Orto Botanico dell’Università di Messina, anche se molto contratto, è per l’appunto quello fondato dal Borzì. Per tal motivo val la pena riassumere qui alcune date ed alcuni fatti da noi raccolti e che interessano la fondazione dell’attuale Orto Botanico di Messina.
Nel 1880, contemporaneamente alla chiamata del Borzì, l’Università di Messina crea anche un «Gabinetto di Botanica» come Istituto autonomo con sede in Vico Università n. 39 e con proprio personale (A. Borzì, direttore; Giorgio De Medici, assistente; Placido De Leo, servente). Intanto viene interessata e sollecitata per la fondazione dell’Orto Botanico l’Amministrazione Comunale, finché il Consiglio comunale di Messina, nella tornata del 10 giugno 1881 ed a conclusione di precedenti discussioni, delibera all’unanimità la fondazione, a proprie spese, dell’Orto Botanico.
Nel 1883, in attesa che si completino le pratiche di sdemanializzazione, il Comune prende in affitto i terreni su cui sorgerà il nuovo Orto, dove nel frattempo il Borzì vi impianta le prime colture. Intanto tra il 1883 ed il 1884 il«Gabinetto di Botanica» si trasferisce dal Vico Università in locali dell’Orto Botanico in Via Torrente Portalegni.
Nel 1885 viene fatta la prima raccolta di semi delle piante in coltura per l’allestimento del Catalogo dei semi destinato agli scambi con gli altri Orti Botanici; catalogo che è poi pubblicato per la prima volta nel 1886.
Va ancora ricordato che nella tornata del 29 aprile 1889 il Consiglio Comunale di Messina delibera all’unanimità una convenzione con l’Università in base alla quale il Comune «cede in proprietà» all’Università i terreni dell’Orto Botanico e si impegna a versare un contributo di 90.000 Lire per la costruzione dell’Istituto di Botanica.Gli eventi che seguirono e vicende varie hanno poi mutilato l’Orto Botanico di Messina di molti dei suoi terreni, talché dalla superficie originaria di ettari 3,88 esso è oggi ridotto a meno di un ettaro. Ci riferiamo in modo particolare alle mutilazioni che furono conseguenza diretta ed indiretta, anche a distanza di molti anni, del terremoto del 28 dicembre 1908: la costruzione «temporanea» di baracche sui terreni a monte dell’Orto Botanico attuale e non più restituiti perché altrimenti utilizzati, e l’attuazione del piano regolatore del 1911 che privò l’Orto Botanico della parte migliore dei suoi terreni a valle per la sistemazione di piazza XX Settembre e per la costruzione della strada di circonvallazione.
Bisogna ricordare il grande interesse manifestato da LEOPOLDO NICOTRA (direttore dell’Orto dal 1899 al 1922) alla ricostruzione dello stesso Orto Botanico, che risorse una seconda volta. Infatti, il Nicotra mentre partecipò, come rappresentante dell’Italia, al III Congresso Internazionale di Botanica, tenutosi a Bruxelles nel 1910, chiese l’aiuto degli scienziati presenti per il recupero sia dell’Orto che dell’Erbario. Dopo questo intervento, a Messina giunsero aiuti e piante rare da tutta Europa e dall’America.