Con la chiusura dell’Università, Messina dovette attendere sino al 1838 per avere nuovamente il suo Ateneo. In questo periodo compreso tra il 1678 ed il 1838 e nel quale non mancarono in Messina associazioni culturali ed Accademie presso le quali si tennero insegnamenti di tipo universitario, neanche si spense del tutto la fiaccola della Botanica e degli Orti Botanici accesa da Pietro Castelli con la fondazione dell’Hortus Messanensis.
Infatti verso la metà del ‘700 il frate francescano PASQUALE ROMANO (nato a Messina nel 1711 e qui morto il 23 marzo 1775) rifece un Orto Botanico nei pressi del proprio convento di Porto Salvo (di fronte al «Giardino a Mare») su terreno acquistato appositamente e nel quale trapiantò numerose specie. Alberi superstiti di questo Orto Botanico esistettero poi sino al 1845, epoca in cui furono abbattuti per costruirvi una strada.
Altro piccolo Orto Botanico destinato precipuamente alla coltivazione delle piante medicinali fu impiantato ai primi dell’800 nel vasto atrio del Grande Ospedale di Messina; secondo la testimonianza del 1826 del Grosso Cacopardo, questo Orto era molto curato, ricco di piante rare ed esotiche «per le assidue cure del Sig. ANTONIO GIAMBOI chimico e botanico di questo stabilimento».
Quasi contemporaneamente a questultimo sorse ancora in Messina un Orto Botanico fondato da FRANCESCO ARROSTO e poi affidato alle cure di suo figlio ANTONINO ARROSTO che più tardi divenne corrispondente di botanici come Gussone e Presl.
Questi Orti Botanici privati, lungi dal rappresentare semplici collezioni fine a se stesse, esplicarono una funzione educativa, mantenendo vivo in Messina il culto per la Botanica. Infatti essi furono frequentati da studiosi i quali successivamente insegnarono nella rinata Università di Messina; valgano i nomi di ANTONINO ARROSTO, di NICOLÒ PRESTANDREA e di ANASTASIO COCCO.